Kematian embrio dalam tempoh pengeraman adalah sangat mengecewakan. Penyebab kematian adalah sangat banyak. Terdapat pelbagai jenis organisma yang mampu memasuki telur lalu menjadi penyebab kematian embrio.
Bakteria
Adakalanya bacteria menjangkiti telur dan masih boleh menetas dengan baik namun anak ayam tersebut akan menjadi pembawa bacteria tersebut sepanjang hayatnya. Kulit telur mempunyai lubang-lubang halus yang mana bacteria kecil masih dapat memasuki telur dengan mudah. Chlamydia psittaci adalah sejenis bacteria primitive yang boleh diturunkan oleh ibu ayam ke dalam telur, bacteria ini mampu membunuh embrio jika ia dalam kuantiti yang banyak. Rawatan adalah dengan menyuntik telur dengan doxycyline. Pemberian doxycyline secara oral kepada anak ayam juga boleh merawat penyakit ini dari diturunkan ke generasi akan datang. Satu lagi bacteria penyebab kematian embrio adalah Salmonella, bacteria ini menyebabkan anak ayam sgt lemah dan gagal untuk keluar dari kulit telur di akhir pengeraman. Bakteria ini mampu memasuki liang telur dan juga masuk menerusi ibu ayam. Terdapat juga jenis-jenis bakteria Staphylococcus juga berupaya membunuh embrio. Bakteria Staph. Aureus boleh membunuh embrio dalam tempoh 48 jam. Bakteria Staph. Faecalis mampu member kesan kepada 50% perkembangan embrio. E. coli adalah bacteria yang biasanya dijumpai dalam haiwan. Ia mampu memasuki telur dengan dua cara iaitu melelui ibu ayam dan kulit telur. Kotoran dalam sarang dan sangkar menjadi penumbang utama jangkitan bacteria ini. Kebanyakan embrio yang dijangkiti E. coli akan mati pada akhir pengeraman atau sebaik sahaja lepas menetas.
Mycoplasma
Mycoplasma adalah lebih primitive berbanding bacteria dan memerlukan perumah untuk hidup dan berkembang-biak. Bagi mengelakkan jangkitan mycoplasma, tylosin disuntik ke dalam ruang udara telur.
Viral Disease
Contohnya virus Newcastle Disease yang menjangkiti induk ayam juga boleh memasuki telur yang dikeluarkan oleh ayam tersebut. Namun begitu, kenyataan ini tidak kritikal kerana ayam yang dijangkiti virus ini akan berhenti bertelur dengan segera. Cuma yang perlu dirisaukan adalah telur yang terdedah kepada udara bervirus mungkin akan mencemarkan suasana dalam incubator dan seterusnya merebak kepada anak yang baru menetas.
Parasites
Parasit seperti cacing gelang (round worm) dewasa pernah dijumpai dalam telur. Ini terjadi apabila cacing gelang melekar pada telur yang belum bercengkerang dalam badan ayam. Setelah cengkerang terhasil, cacing tersebut terperangkap dalam cengkerang.